রোববার দুই বছর তিন মাস পর সিলেট সিটি কর্পোরেশনের মেয়রের দায়িত্ব নেন আরিফ। এর তিন ঘণ্টার মধ্যে স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রণালয়ের স্থানীয় সরকার বিভাগের উপ-সচিব মো. মাহমুদুল আলম স্বাক্ষরিত একটি ফ্যাক্স বার্তা সিলেট সিটি কর্পোরেশনে প্রেরণ করা হয়।
ওই বার্তায় বলা হয়, ‘আরিফুল হক চৌধুরীর বিরুদ্ধে বিশেষ ট্রাইব্যুনাল মামলা-৪/২০০৯ এর সম্পূরক অভিযোগপত্র গত ২২ মার্চ আদালতে গৃহীত হয়েছে। সেহেতু সিলেট সিটি কর্পোরেশনের মেয়র আরিফুল হক চৌধুরীকে স্থানীয় সরকার বিভাগ আইন ২০০৯ এর ১২ উপধারা প্রদত্ত ক্ষমতাবলে সাময়িক বরখাস্ত করা হল।’
২০০৪ সালের ২১ জুন সুনামগঞ্জের দিরাইয়ে সুরঞ্জিত সেন গুপ্তের জনসভায় বোমা হামলার ঘটনায় দায়েরকৃত বিস্ফোরক ও সাধারণ আইনে দু’টি মামলা দায়ের করা হয়। মামলায় গত ২৭ নভেম্বর শ্যোন এরেস্ট দেখানো হয় সিলেট ও হবিগঞ্জের মেয়র আরিফুল হক চৌধুরী ও জি কে গউছকে। পরে একই বেঞ্চ থেকে জামিন পান মেয়র আরিফ।
এর আগে সাবেক অর্থমন্ত্রী শাহ এ এম এস কিবরিয়া হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় দায়েরকৃত দু’টি মামলায় তিনি জামিন লাভ করেন। ওই মামলায় অভিযুক্ত হওয়ার কারণে ২০১৫ সালের ৭ জানুয়ারি স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রণালয়ের স্থানীয় সরকার বিভাগ এক আদেশে সিসিক মেয়র আরিফকে সাময়িকভাবে বরখাস্ত করে।
সম্প্রতি এই আদেশের বিরুদ্ধে মেয়র আরিফ রিট পিটিশন দায়ের করলে শুনানি শেষে সাময়িক বরখাস্তের আদেশ স্থগিত করেন হাইকোর্ট। হাইকোর্টের স্থগিতাদেশ বাতিলের জন্য সুপ্রিম কোর্টের আপিল বিভাগে সরকার পক্ষ আবেদন করলে আদালত তা খারিজ করে দেয়। সকল আইনি বাধা দূর করে রোববার মেয়র পদে ফেরার কয়েক ঘন্টার মধ্যে ফের বরখাস্ত করা হয় আরিফকে।